יג – מצב מלחמה ומצב שיגרה בצבא וסמכות המפקד
בעת מלחמה בשבת יש לעשות הכל למען הניצחון, ואסור להתעכב בהפניית שאלות לרבנים, וגם אין להטריד את המפקדים בשאלות, מה הכרחי ומה לא, אלא עושים את כל מה שנצרך במהירות המירבית.
אבל בעת שיגרה, כאשר מקיימים פעילות של ביטחון שוטף או פעילות מודיעינית, יש למעט באיסורים, ורק פעולה שנועדה למניעת סיכון חיים עושים, ואם אפשר, עדיף לעשותה בשינוי או בדרך שאסורה מדברי חכמים בלבד. לשם כך צריכה הרבנות הצבאית לקבוע נהלים מיוחדים לשבת, שיאפשרו לקיים בכל חיל וחיל את שגרת הביטחון בפחות איסורים. ואימונים אסור לקיים בשבת, ורק בעת כוננות, כאשר יש צורך ביטחוני, מותר לאמן חיילים לקראת מבצע שהם צריכים להשתתף בו.[14]
במצב תקין ניתן לסמוך על המפקד שמכיר את צרכי הביטחון ואת ההלכה כפי הוראות הרבנות הצבאית, ואם נתן פקודה הכרוכה בחילול שבת, משמע שהיא נצרכת לשמירת הביטחון ויש לקיים אותה. אולם כאשר האמון במפקדים נסדק, או מפני שהם מזלזלים בהוראות הרבנות הצבאית, או מפני שהרבנות הצבאית אינה ממלאת את תפקידה, או מפני שהפקודה אינה הגיונית, החייל צריך לברר עם מפקדו האם באמת מדובר בפעולה הכרחית לצורך ביטחון. ואם למרות דברי המפקד ברור לחייל שהפקודה הכרוכה בחילול שבת אינה נוגעת לביטחון, אסור לו לקיים אותה, שאין מחללים שבת שלא לצורך פיקוח נפש. וכל זמן שהוא בספק, יקיים את הפקודה, שספק נפשות דוחה שבת. אלא שלאחר השבת חובה עליו לברר עם הרבנות הצבאית, ובשעת הצורך עם רבותיו, האם הפקודה ניתנה כהלכה או לא. ואם ניתנה שלא כהלכה, חובה עליו להגיש קובלנה על מפקדו ולהתלונן עליו בכל הדרכים העומדות לרשותו.
הדרך העיקרית לדעת אם הפעולה נוגעת לפיקוח נפש היא לפי ההתייחסות אליה בפועל. שאם רגילים בכל השבוע להתייחס לפעולה כזו כפעולת הצלה הכרחית, ומבצעים אותה גם כאשר הדבר כרוך בביטול מנוחה או בהפסקת מופע בידור – מותר לבצעה בשבת. ואם במשך השבוע מזלזלים בביצועה ומפני סיבות של נוחיות מבטלים אותה – אין היתר לחלל שבת כדי לקיימה.[15]